Nauka nie była zbyt dużym wyzwaniem dla przyszłego wioślarza. Ukończył Szkołę Rzemiosł Artystycznych. Zdobył zawód stolarza. Rok 1925 był dla niego przełomem. To właśnie wtedy zakochał się we wioślarstwie. Codziennie trenował i analizował poczynania kolegów z drużyny. Zapisał się do Bydgoskiego Towarzystwa Wioślarskiego, któremu był wierny do końca kariery. Częste ćwiczenia i samozaparcie pozwoliły mu na osiąganie sukcesów już po roku trenowania.

W 1926 został mistrzem Polski w czwórce ze sternikiem. Zdobył brązowy medal na Mistrzostwach Europy w Lucernie (1926). W 1928 roku wziął udział w Letnich Igrzyskach Olimpijskich w Amsterdamie. Wraz z Janikowskim w Osadzie byli Leon Birkholz, Edmund Jankowski, Bernard Ormanowski/ Reprezentacja szybko przeszła eliminacje. Po nich przyszedł czas na wielki finał. Polacy dzielnie walczyli z przeciwnikami. Ostatecznie zdobyli brązowy medal. Jednocześnie był to pierwszy w historii polskiego wioślarstwa medal olimpijski.

Po Olimpiadzie odnosił dalsze sukcesy. Został brązowym medalistą Mistrzostw Europy w Bydgoszczy w czwórce bez sternika. Odnosił również sukcesy w Mistrzostwach Polski, zdobywając srebrny medal w 1926,1928,1930.

Odbył obowiązkową służbę wojskową w Pułku Lotnictwa Morskiego w Pucku, która zakończyła się w 1930.W tym samym roku Janikowski postanowił zawiesić swoją karierę i oddać się pracy w Fabryce Mebli Emil BRONIKOWSKI I SYN. Nadal pozostawał w dobrych stosunkach z kolegami z drużyny oraz zarządem. Uczestniczył w pracach organizacyjnych i promocyjnych. Został członkiem zarządu BTW. W 1932 pojął za żonę Zofię Bukowską, z którą miał trójkę dzieci.

We wrześniu 1939 wybuchła II Wojna Światowa. Franciszek na lotnisku w Podlaskiej Fabryce Samolotów, która została zniszczona. Janikowski uciekł z budynku. Wkrótce potem wziął udział w obronie Stolicy. W 1944 został wysiedlony z domu, by pracować przymusowo w Zakładach Amunicji w Łęgnowie. 12 lat później przeprowadził się wraz z rodziną do Milanówka pod Warszawą, gdzie mieszkał aż do śmierci w 1964.