Zarzuty NIK wobec gmin dotyczyły między innymi nie stworzenia selektywnych punktów zbierania odpadów czy także nie do końca właściwie poinformowano mieszkańców o nowych zasadach gospodarowania odpadami. Ten zarzut postawiono połowie kontrolowanych gmin, w przypadku Bydgoszczy, w tych kwestiach Najwyższa Izba Kontroli nie dopatrzyła się uchybień.

W połowie z kontrolowanych gmin nie wprowadzono także na drodze uchwały zasad składania deklaracji za pomocą internetu. Ten zarzut stawiany jest także Bydgoszczy - W ocenie NIK, nieuchwalenie warunków i trybu składania deklaracji za pomocą środków komunikacji elektronicznej pozbawiło mieszkańców gmin możliwości składania deklaracji drogą elektroniczną. Brak wprowadzenia przez gminy takich rozwiązań mógł skutkować zwiększeniem liczby właścicieli nieruchomości, którzy pomimo takiego obowiązku, deklaracji nie złożyli, bądź złożyli je nieterminowo.

Zastrzeżenie dla tej oceny wyraził Prezydent Miasta Bydgoszczy. Zostało ono jednak odrzucone przez NIK. Ostatecznie Bydgoszczy otrzymała ocenę pozytywną z nieprawidłowościami.