Określony w propozycji marszałkowskiej miejski obszar funkcjonalnych ośrodków wojewódzkich Bydgoszczy i Torunia, pokrywa się z granicami ZIT. Obejmuje zatem - Bydgoszcz i Toruń, powiaty bydgoski, toruński oraz gminy: Łabiszyn, Nakło nad Notecią, Szubin oraz Kowalewo Pomorskie.

Bydgoszcz uważa, że powinny być wydzielone dwa osobne obszary funkcjonalne Bydgoszcz i Torunia. W skład bydgoskiego weszłyby gminy, z którymi prezydent Bydgoszczy podjął współracę na rzecz utworzenia związku metropolitalnego - Miasto Bydgoszcz planuje również negatywnie zaopiniować wyznaczony przez Zarząd Województwa kształt miejskiego obszaru funkcjonalnego o znaczeniu ponadregionalnym uznając, że błędem jest wyznaczenie go w takim kształcie w jakim funkcjonuje ZIT i że w planie zagospodarowania przestrzennego województwa powinny być określone dwa oddzielne miejskie obszary funkcjonalne ośrodków wojewódzkich. Polityka województwa od lat prowadzi do tego, że oba stołeczne miasta wypełniają odrębnie wszystkie funkcje miejskie dla swoich mieszkańców oraz dla mieszkańców okolicznych gmin, o czym bardzo dobitnie świadczą choćby wyniki analizy dojazdów do pracy do miast rdzeniowych z gmin bydgoskiego i toruńskiego obszaru funkcjonalnego. Należy również podkreślić, że w ekspertyzie przygotowanej na zlecenie Ministerstwa Rozwoju Regionalnego przez prof. Przemysława Śleszyńskiego, w województwie kujawsko-pomorskim wskazane zostały dwa oddzielne obszary funkcjonalne: Bydgoski Obszar Funkcjonalny i Toruński Obszar Funkcjonalny – informuje Urząd Miasta Bydgoszczy.

Złożony przez ratusz wniosek zakłada powstanie obszaru funkcjonalnego, który objąłby gminy chcące tworzyć Metropolię Bydgoszcz, czyli wchodzące w skład powiatu bydgoskiego, nakielskiego oraz Łabiszyn, Żnin, Barcin, Rojewo, Pruszcz Pomorski.

Dwa pozostałe zaproponowane przez Zarząd Województwa obszary funkcjonalne to:

-Światowy Rezerwat Biosfery ,,Bory Tucholskie” tworzony przez niektóre gminy z powiatów tucholskiego i świeckiego

-Wiejski obejmujący większą część kujawsko-pomorskiego (bez ośrodków miejskich o znaczeniu regionalnym)