Niepewność w ProNaturze rozpoczęła się 9 kwietnia ubiegłego roku, gdy Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy uchylił zapisy uchwały Sejmiku Województwa z roku 2012, które ustanawiały budowany kompleks Regionalną Instalacją do Przetwórstwa Odpadów Komunalnych (w skrócie RIPOK). Gdyby te zapisy się utrzymały, to oznaczałoby, że firmy odbierające odpady od bydgoszczan, nie miałyby obowiązku wywożenia ich do instalacji ProNatury. Wojewódzki Sąd Administracyjny zbadał tę sprawę na wniosek prywatnej firmy Remondis, która czuła się poszkodowana w wyniku decyzji Sejmiku.

ProNatura od wyroku WSA się odwołała i 9 lipca zapadł przed Naczelnym Sądem Administracyjnym w Warszawie korzystny dla niej werdykt, który uchylił decyzję WSA z 9 kwietnia 2014 roku. Oznacza to, że prawomocnie ProNatura nadal ma status RIPOK. Na dzisiejszej konferencji prasowej przedstawiciele spółki ProNatura z prezesem Konradem Mikołajskim poinformowali, że decyzja NSA zamyka sprawę.