Inowrocławia Wojsko Polskie broniło nieco dłużej niż Bydgoszczy. Bydgoszcz pozostawiono bezbronną bowiem już 4 września, tego samego dnia na polecenie władz wojewódzkich z Inowrocławia ewakuowano prezydenta Jankowskiego i jego zastępce Juengsta. W kierunku rejonu Inowrocławia wycofała się z Bydgoszczy 26 dywizja piechoty wchodząca w skład grupy operacyjnej gen. Przyłajkowskiego.

Porażki na froncie północno-zachodnim sprawiły, że 7 września wojska zaczęły się wycofywać w kierunku linii obrony Radziejów – Sędzin – Zakrzewo, pozostawiając Inowrocław sam sobie. Niemcy widząc to, wieczorem, rozpoczęli działania dywersacyjne. Do polskich wojsk strzelano m.in. przy ulicy Dworcowej i Królowej Jadwigi. Strzelano z broni maszynowej, używano również granatów ręcznych.

Grupa około stu obrońców Inowrocławia 8 września ostrzelała niemieckie samochody zwiadowcze i zmusiła początkowo oddziały zwiadowcze do odwrotu. Po godzinie 16 rozpoczęło się jednak główne natarcie niemieckie od strony Bydgoszczy i Pakości. Opór garstki bohaterów nie powstrzymał jednak wojsk hitlerowskich i 8 września 1939 roku Inowrocław upadł. Po 20-latach miasto zajęli ponownie Niemcy (w styczniu 1919 roku Inowrocław wyzwolili powstańcy wielkopolscy dowodzeni przez kpt. Pawła Cymsa). Dla Polaków w Inowrocławiu rozpoczął się tragiczny okres.

Niemcy niszczyli budynki i pomniki. Podpalono Szkołę Wydziałową, w której broniła się inowrocławska młodzież, zniszczono również pomnik poświęcony Powstaniu Wielkopolskiemu oraz pomnik Jana Kasprowicza. Powróciła znienawidzona przez Polaków nazwa miasta – Hohensalza. W lasach w okolicach Gniewkowa i Kruszwicy dochodziło do masowych egzekucji ludności polskiej. Polaków mordowano również w inowrocławskim więzieniu. Tysiące osób wypędzono z Inowrocławia

W noc z 22 na 23 października miała miejsce w inowrocławskim więzieniu tzw. ,,inowrocławska krwawa niedziela”. Po libacji alkoholowej pijany landrat Otto Hirschfeld doprowadził do samosądu na 56 Polakach. Informacje o tej zbrodni wydostały się na zachód i stały się elementem alianckiej propagandy.

W Mątwach powstał obóz dla jeńców wojennych ze Związku Radzieckiego, Wielkiej Brytanii i Francji.

Hołd obrońcom Inowrocławia w czwartek oddali harcerze.