Onkologia z uwagi na konieczność szybkiego wdrażania leczenia była tą dziedziną ochrony zdrowia, gdzie starano się chronić ją przed wpływem pandemii. Bydgoskie Centrum Onkologii stąd też starało się utrzymać poziom świadczeń sprzed pandemii, dodatkowo musząc się liczyć ze wzrostem kosztów operacyjnych związanych z zapewnieniem odpowiedniego reżimu sanitarnego oraz wzrostem wynagrodzeń dla pracowników. W rezultacie koszty szpitala – jak wynika z przyjętego przez Zarząd Województwa – w 2020 roku wyniosły ponad 412 mln zł, gdy w 2019 roku były to niespełna 388 mln zł. Pozwoliło to jednak dzięki również wzrostowi po stronie przychodów zwiększyć zysk w stosunku do 2019 roku o blisko 6,5 mln zł.

Wpływ na wzrost dochodów miala zapłata przez NFZ odsetek za przegraną z 2017 roku sprawę sądową, gdzie sąd w sporze o finansowanie programów lekowych przyznał rację szpitalowi. Wartość tych odsetek toblisko 783 mln zł.

Centrum Onkologii szacuje w oparciu o dzisiejsze dane, że rok 2021 przyniesie po odliczeniu podatku blisko 1 mln zł. Będzie to zysk znaczne mniejszy, ale Centrum Onkologii zalicza się do tych niewielu szpitali, które osiągają dodatni bilans finansowy.

Ostatnio portal onkomapa.pl we współpracy z fundacją Alivia opublikował ranking oparty o wskazania pacjentów i ich rodzin, w którym wskazano Centrum Onkologii jako najbardziej przyjazny szpital onkologiczny w województwie kujawsko-pomorskim.