Inowrocławski areszt był początkiem jego gehenny, najpierw trafił do obozu koncentracyjnego w Dachau. W 1942 został przeniesiony do Stutthoffu, a jesienią 1944 do Neuengamme pod Hamburgiem. Obóz ten został wyzwolony w maju 1945 rok, Klinkowki trafił do szpitala Rotenburgu, gdzie wkrótce zmarł.

Jak wynika z dokumentów rodzina przez kolejne lata nie wiedziała co się z nim stało. W 1947 roku Sąd Rejonowy w Gnieźnie rozpatrując wniosek jego żony Teresy, wezwał Klinkowskiego w dniu 26 lutego 1947 roku, w przypadku niestawienia sąd uzna go za zmarłego. Klinkowski stawić się nie mógł z racji śmierci, która nastąpiła w Rotenburgu 20 maja 1945 roku. Ten dokument pokazuje jednak, że blisko dwa lata po jego śmierci rodzina w Polsce nic nie wiedziała. Na stronie Fundacji Polsko-Niemieckie Pojednanie opublikowano zdjęcie jego grobu, który znajduje się w na cmentarzu w Rotenburgu, w Dolnej Saksonii.

Rzeczy osobiste Klinkowskiego – w tym zegarek - trafiły do muzeum w Arolsen. Z okazji 76. rocznicy wyzwolenia obozu w Stutthoff Muzeum Arolsen przygotowało z Muzeum Stutthof wystawę, jednocześnie na Facebook-u informując, że poszukiwani są krewni Janusza Klinkowskiego.