Rafał Pierzchalski nieprzerwanie od 1998 roku jest dyrektorem Szkoły Podstawowej nr 14 z Oddziałami Dwujęzycznymi im. Zygmunta Wilkońskiego. Wcześniej pracował jako nauczyciel w tej szkole. Pracował również jako nauczyciel w Zespole Szkół Samochodowych oraz w III Liceum Ogólnokształcącym. Był inicjatorem nadania szkole imienia Zygmunta Wilkońskiego oraz powstania oddziałów dwujęzycznych w gimnazjum.

Ukończył studia na wydziale Biologii i Nauk o Ziemi na Uniwersytecie im. Mikołaja Kopernika w Toruniu. Ponadto w 2000 r. ukończył m.in. studia podyplomowe z zarządzania finansami i marketingiem na UMK w Toruniu, w 2017 roku studia podyplomowe z doradztwa zawodowego i coachingu kariery w Wyższej Szkole Bankowej w Toruniu. Był wielokrotnie nagradzany i wyróżniany m.in. Nagrodą Ministra Edukacji Narodowej, Nagrodą Marszałka Województwa, Nagrodą Kujawsko-Pomorskiego Kuratora Oświaty, Medalem Komisji Edukacji Narodowej oraz wyróżnieniem w konkursie „Lider Edukacji”, a także kilkukrotnie Nagrodą Prezydenta Miasta Inowrocławia.

Prywatnie miłośnik sportu, przede wszystkim roweru, narciarstwa zjazdowego oraz tenisa ziemnego. Oprócz tego zainteresowania sportowe Rafała Pierzchalskiego koncentrują się wokół piłki nożnej.