Pod koniec czerwca Rada Miasta Bydgoszczy negatywnie zaopiniowała zapisy audytu krajobrazowego, którego projekt Zarząd Województwa przyjął na początku czerwca. Zdaniem bydgoskich radnych ten projekt blokowałby rozbudowę terminalu Emilianowo. Podobną negatywną opinię wyraziła niedługo później też Rada Gminy w Nowej Wsi Wielkiej. Marszałek województwa Piotr Całbecki obiecał na sesji Sejmiku Województwa uwzględnienie tych uwag.
Miejska Pracownia Urbanistyczna w Bydgoszczy w kilka dni przeanalizowała dokument i na sesję Rady Miasta w dniu 29 czerwca wniesiono projekt, w którym bydgoski samorząd negatywnie ocenia audyt. Dyrektor MPU Anna Rembowicz-Dziekciowska oceniła, że dokument zawiera niekorzystne dla planowanego w Emilianowie terminalu. W uzasadnieniu do uchwały napisano – Jednym z krajobrazów priorytetowych, wskazanych w projekcie Audytu krajobrazowego, jest teren oznaczony kodem 04-315.35-43, obejmujący w granicach miasta Bydgoszczy tereny sąsiadujące z przyszłym terminalem intermodalnym Bydgoszcz-Emilianowo i Bydgoskim Parkiem Przemysłowo-Technologicznym. (…) Obszar ten, zgodnie z przestrzenną polityką miasta, będzie podlegał przekształceniom w myśl określonych w Studium kierunków. Ze względu na istniejące produkcyjno-usługowe zainwestowanie terenu, związane z funkcjonowaniem m.in. Bydgoskiego Parku Przemysłowo-Technologicznego, uwzględniając potrzeby rozwojowe miasta, Rada Miasta Bydgoszczy przyjmuje stanowisko, że obszar krajobrazu priorytetowego oznaczonego kodem 04-315.35-43 powinien zostać ograniczony do terenów zwartych kompleksów leśnych, związanych z przyrodniczo-krajobrazową charakterystyką Puszczy Bydgoskiej.
Marszałka o wątpliwości bydgoskiego samorządu pytał na sesji radny Michał Krzemkowski. Marszałek wyraził lekkie zdziwienie tak stanowczym tonem stanowiska Rady Miasta, ale zapowiedział, że wszelkie uwagi jakie wyszły z bydgoskiego samorządu będą uwzględnione – Naszym zamiarem nie jest blokowanie rozwoju Bydgoszczy – zadeklarował.
Samorządy wojewódzkie audyty krajobrazowe muszą opracować przynajmniej raz na 20 lat. Prace nad obecną aktualizacją toczą się od 2017 roku.