Łabiszyn ulokowany został w miejscu, gdzie Noteć rozgałęzia się chwilowo, bowiem potem łączy się ponownie w jeden ciek. W praktyce miasto położone było na wyspie, gdzie mieści się rynek i ratusz. Rozbudowa miasta sprawiła, że wyszło ono już znacznie ponad tę wyspę. Dzisiaj Łabiszyn umownie dzieli się na starą część zlokalizowaną na i wokół wyspy i nową z z zabudową wielokondygnacyjną.

Pierwszy raz o osadzie w Łabiszynie napisano w dokumencie z XIII wieku, było to prywatne miasto szlacheckie Dezyderego Łabiszyn prawa miejskie uzyskał w XIV wieku. W 1410 roku w bitwie pod Koronowem, zdaniem wielu historyków ważniejszej od sławnego Grunwaldu, jednym z polskich dowódców był Maciej z Łabiszyna. Po tej bitwie w drodze do Inowrocławia, w Łabiszynie zatrzymał się król Władysław Jagiełło – na inowrocławskim zamku dokonano ważnych rozstrzygnięć po wygranej wojnie z Zakonem Krzyżackim

W XIV wieku Wojciech z Kościelca zbudował na wyspie zamek, nie pozostał on jednak do naszych czasów. Nie ma też pewności co do dokładnej jego lokalizacji.

Łabiszyn w historii Polski zapisał się w 1794 roku gdy w czasie Insurekcji Kościuszkowskiej wojska gen. Henryka Dąbrowskiego pokonały wojska pruskie.