Obecnie połączenia pomiędzy Bydgoszczą a Toruniem obsługuje spółka Przewozy Regionalne. Plany zakupu przez Samorząd Województwa własnego taboru pokazują, że województwo będzie chciało to połączenie obsługiwać same.
Najbardziej prawdopodobne jest zatem, że zostanie powołana spółka, której właścicielem będzie województwo, która zarządzać będzie połączeniami kolejowymi w ramach BiT City.
Tutaj pojawia się kilka wątpliwości. Czy zadaniem tej spółki będzie tylko obsługa połączeń w ramach BiT City, czy w przyszłości miała by ona świadczyć usługi także na innych liniach województwa? Dla przykładu Koleje Wielkopolskie, należące do władz samorządowych, wykonują obsługę połączeń w ramach całej aglomeracji poznańskiej.
Jeżeli są plany rozszerzenia usług na kolejne linie, to zasadne są rozważania na temat sposobu zarządzania spółką i miasta które będzie jej siedzibą. Jest to ważne z tego punktu widzenia, że powołanie takiego podmiotu z siedzibą w Toruniu mogło by, jak pokazuje doświadczenie, doprowadzić do sytuacji, że nie będą zauważane wszystkie potrzeby zachodniej części województwa, która jak by nie patrzeć ma większe potrzeby w kwestii rozwoju transportu kolejowego.
