Zanim doszło do rozpoczęcia budowy kompleksu unieszkodliwiania odpadów ProNatury, zamierzenia te oprotestowywali ekolodzy. Jeden z zarzutów dotyczył, iż budujemy kompleks za duży jak na nasze potrzeby i nie będzie czego spalać. Przed takim problemem właśnie stoi ProNatura, bowiem jeden z samorządów dostarcza mniej odpadów niż wcześniej zapowiadał.
Chodzi o drugie największe miasto w województwie kujawsko-pomorskim Toruń. Miasto to zobowiązywało się dostarczać 55 tys. ton odpadów rocznie. Obecnie jest to 35 tys., władze Torunia planują w przyszłych latach zmniejszać tę ilość. W praktyce spalarnia nie pracuje na pełnych obrotach.
Spółka ProNatura planuje poszukać w innych miejscach kraju potencjalnych nowych dostawców odpadów. Jeżeli obecny stan się będzie utrzymywał się dłużej, to ekonomia wskazuje, iż może dojść do wzrostu kosztów spalania obecnie przyjmowanych odpadów, więc więcej będą musieli zapłacić m.in. bydgoszczanie za śmieci.
Trzeba zwrócić również uwagę, iż jest to problem nie tylko bydgoski, ale dotyczący właściwie spójności całego województwa. Kompleks unieszkodliwiania odpadów wybudowano bowiem za środki unijne w celu uzyskania pewnych efektów. Nie wywiązywanie się ze wcześniejszych umów przez samorząd Torunia sprawi, iż zasadny będzie zarzut, złego wydatkowania funduszy unijnych przez województwo kujawsko-pomorskie.