Najwyższa Izba Kontroli przeprowadziła dużą kontrolę dotyczącą funkcjonowania lotnictwa cywilnego w Polsce. Kontrola objęła również wypełnianie obowiązków związanych z działania w lotnictwie cywilnym i wypełniania z tym związanych obowiązków przez zarząd Portu Lotniczego Bydgoszcz.
Kontrola wykazała, że dwukrotnie zarząd PLB przekroczył nakazany w przepisach termin dostarczenia prezesowi Urzędu Lotnictwa Cywilnego sprawozdania finansowego spółki wraz z raportem biegłego rewidenta. Taka sytuacja miała miejsce w roku 2011 (sprawozdanie za rok 2010), gdy przekroczono termin o 63 dni oraz 2012 (za rok 2011), gdy przekroczenie terminu wyniosło 42 dni. NIK podkreśla, że sprawozdanie przysłano dopiero po wystosowanych przez ULC ponagleniach. Główna księgowa PLB w obu wypadkach stwierdza, iż przyczyną przekroczenia terminu dostarczenia dokumentów było przeoczenie.
Pod koniec 2012 roku Miasto Bydgoszcz odkupiło akcje Portu Lotniczego Należące do Centrostalu Bydgoszcz i Huty Szkła ,,Irena” w Inowrocławiu. NIK wskazuje, że o tych zmianach właścicielskich nie poinformowano zgodnie z przepisami prezesa ULC, czym naruszono zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej w zakresie zarządzania lotniskiem użytku publicznego.
Również zarząd lotniska nie wywiązał się w terminie z zaleceń kontroli NIK pod względem bezpieczeństwa z roku 2011, gdzie stwierdzono kilka nieprawidłowości zarówno natury formalno-organizacyjnej, ale również chociażby niespełnienia wymogów bezpieczeństwa przez ogrodzenie portu. Zalecenia miały zostać wdrożone pierwotnie do końca 2011 roku. W praktyce doszło do licznych wniosków o prolongaty terminu, przez co działania naprawcze zakończyły się dopiero pod koniec 2014 roku.
