Duże kontrowersje budzi projekt nowego statutu Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, który wywołuje protest społeczności Collegium Medicum w Bydgoszczy. CM do UMK zostało włączone w 2004 roku, wówczas udało się do statutu toruńskiej uczelni zapisać szereg kwestii zabezpieczających interes CM.
W obowiązującym jeszcze statucie UMK jest zapis o tym, że Collegium Medicum jest częścią tej uczelni, co sugeruje autonomiczność bydgoskiej części uczelni. Dalej jest zapis, że UMK prowadzi działalność dydaktyczną w Toruniu i w Bydgoszczy. Kolejny paragraf wskazuje, że patronem Collegium Medicum jest Ludwik Rydygier, a także podkreślenie, że CM posiada swoje godło i sztandar. Praktycznie znaku graficznego Collegium Medicum od dobrego roku nie ma już nawet na stronie internetowej.
W statucie zapisano również, że jednym z prorektorów ma być prorektor ds. Collegium Medicum, wybierany spośród pracowników zatrudnionych w CM. W nowym statucie takiego zapisu się nie przewiduje, co wywołuje niezadowolenie pracowników. Inne paragrafy obecnego statutu wprowadzają chociażby miejsca obligatoryjne dla Collegium Medicum w Senacie UMK. Skoro nie będzie jednak w nowym statucie Collegium Medicum, to również ten interes nie będzie już zabezpieczony.
UMK konieczność opracowania nowego statutu tłumaczy potrzebą dostosowania się do nowej ustawy o szkolnictwie wyższym.
