W marcu Polskie Linie Lotnicze LOT zamroziły loty z Bydgoszczy do Warszawy, z powodu pandemii COVID-19, która uziemiła w praktyce cały ruch wewnątrz krajowy. W czerwcu LOT wznowił kilka kierunków krajowych z Warszawy, w tym do obsługującego stosunkowo mało pasażerów portu w Zielonej Górze. W tej siatce zabrakło jednak Portu Lotniczego Bydgoszcz.
Jak wynika z informacji Ministerstwa Aktywów Państwowych, w czerwcu wznowiono loty o potencjale ruchu bezpośredniego, czyli służące przemieszczaniu się pasażerów pomiędzy dwoma lotniskami. Według PLL LOT loty z Bydgoszczy mają potencjał głównie tranzytowy, gdzie warszawskie Okęcie pełni rolę hubu przesiadkowego na dalszy lot zagraniczny. Z tego powodu LOT przywrócenie połączeń z Bydgoszczą i z Lublinem warunkuje rozwojom siatki międzynarodowej. Tak klaruje się oficjalne stanowisko linii lotniczych LOT. Obecnie z uwagi na sytuację epidemiczną wciąż nie wznowiono lotów transatlantyckich do Stanów Zjednoczonych.
Funkcję tranzytową przez wiele lat dla bydgoskiego portu pełnił też port w niemieckim Frankfurcie, gdzie latała z Bydgoszczy Lufthansa. To połączenie nie zostało jeszcze wznowione z powodu wewnętrznych problemów niemieckiego przewoźnika.
