W kilku europejskich miastach potwierdzono obecność materiału genetycznego COVID-19 w ściekach – m.in. w Paryżu, Rzymie i Mediolanie. Zdaniem Miejskich Wodociągów i Kanalizacji w Bydgoszczy nie ma zagrożenia, aby COVID-19 pojawił się w wodzie pitnej.
Zdaniem Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) nie ma dowodów, aby bakterie koronawirusa mogły egzystować w wodzie pitnej. MWiK informuje natomiast, że bydgoski system wodociągowy jest przygotowany nawet na sytuację zanieczyszczenia rzeki. Ujęcie w Lesie Gdańskim przeprowadza dezynfekcje przy pomocy promieni UV, które bez problemu unieszkodliwiają wirus COVID-19.
Natomiast prowadzona przy ujęciu na Czyżkówku infiltracja gwarantuje usunięcie zanieczyszczeń biologicznych i fizykochemicznych, co pozwala na dostarczanie wody mieszkańcom nawet przez okres 6 tygodniu w przypadku zanieczyszczenia rzeki.
Woda z ujęć jest poddawana również chemicznie procesowi ozonowania.