Spółka WKS Zawisza Bydgoszcz została powołana w 2009 roku w celu rozwoju piłki nożnej w Bydgoszczy – po jej prywatyzacji Radosławowi Osuchowi (którą później negatywnie ocenił NIK) oraz późniejszych perturbacjach spółka zaliczyła kompromitację sportową. Formalnie funkcjonuje do dzisiaj, chociaż od kilku lat nie wywiązuje się od obowiązków sprawozdawczych. Mimo to swoje udziały w tym podmiocie ma Miasto Bydgoszcz.
Spółkę powołano w 2009 roku, gdy prowadzona przez Stowarzyszenie Piłkarskie ,,Zawisza” drużyna wywalczyła awans do nowej II ligi, co oznaczało wejście na rozgrywki centralne. Spółka miała zapewnić wsparcie ze strony Miasta Bydgoszczy, początkowo ówczesny prezydent Konstanty Dombrowicz nie był do tego chętny, ale spółkę zawiązano. Większościowe udziały objęła Bydgoszcz, a mniejszościowe Stowarzyszenie Piłkarskie ,,Zawisza”.
W 2011 roku większość udziałów Miasta Bydgoszczy odkupił Radosław Osuch. Udało się awansować do Ekstraklasy i wywalczyć Puchar Polski. Działalność większościowego właściciela budziła jednak pewne wątpliwości, o tego skonfliktować się z kibicami. W rezultacie nie złożono dokumentów i klub nie wystartował w sezonie 2016/2017, chociaż mógł grać I lidze. O tego sezonu od zera Zawiszę odbudowuje Stowarzyszenie Piłkarskie ,,Zawisza”, które dotarło do III ligi.
W 2016 roku udziały większościowe Osucha przejął nieznany niemal nikomu Artur Czarnecki. Na dzisiaj dysponuje on 95% udziałów, 2,82% ma Miasto Bydgoszcz, a 2,18% Stowarzyszenie Piłkarskie. Spółka formalnie sprawozdania finansowe składała do 2020 roku, od tego momentu nie wywiązuje się już z obowiązków sprawozdawczych. Z KRS wynika, że były podejmowane też egzekucje komornicze, ale umarzano je z uwagi na brak majątku spółki.
Wiosną Sąd Rejonowy próbował wyegzekwować sprawozdanie finansowe za 2022 rok, ale z uwagi na uzyskanie ustalenia, że w praktyce spółka nie ma prezesa reprezentującego ją, to postępowanie zostało umorzone. W lipcu 2024 z kolei sąd zwrócił się do właściwego naczelnika Urzędu Skarbowego z zapytaniem czy są przesłanki wskazujące, że spółka w jakikolwiek sposób funkcjonuje.
