Decyzja o powstaniu Regionalnego Zarządu Gospodarki Wodnej zapadła dopiero w 2017 roku, jest to zatem jeden z najmłodszych RZGW w Polsce. Znajduje się on w hierarchii dorzeczy Odry i odpowiada głównie za zarządzaniem funkcjonowania Notecią, w praktyce zatem Brdą i podbydgoskim odcinkiem Wisły się nie zajmuje – te rzeki reguluje RZGW w Gdańsku.
Pod RZGW Bydgoszcz podlegają dwa zarządy zlewni: w Inowrocławiu i w Pile.
Na czele RZGW w Bydgoszczy powołany został w ubiegłym tygodniu Piotr Kurnatowski, który w pracy wokół ochrony środowiska i gospodarki wodnej ma około 25 lat doświadczenia. Przez ostatnie lata był kierownikiem w Zarządzie Zlewni w Inowrocławiu podległemu bydgoskiemu RZGW. Piotr Kurnatowski jest tez aktywnym działaczem politycznym PSL.
Za poprzedniego rządu w RZGW w Bydgoszczy na kierowniczych stanowiskach znajdowały się osoby związane z PiS-em.