Jeden z głównych zarzutów stawianych urzędom skarbowym w skali całego kraju, to odzyskanie niewielkiej kwoty z zaniżeń podatku VAT. W roku 2012 odzyskano zaledwie 8,8% kwot.

Zalecenia pokontrolne przekazane zostały do Ministerstwa Finansów, aby w przyszłości Polska skuteczniej zwalczała oszustwa podatkowe.

W raporcie pojawia się odniesienie także do Urzędu Kontroli Skarbowej w Bydgoszczy, który dzięki współpracy z innymi państwami Unii Europejskiej ustalił nieprawidłowości na kwotę 283,3 mln zł. Co ciekawe skali kraju wykryte nieprawidłowości dzięki współpracy europejskiej wyniosły 392,4 mln zł.

Bydgoskie organy skarbowe otrzymały od NIK ocenę pozytywną. W raporcie nie przedstawiono żądnych uchybień w stosunku do ich pracy.