W 2003 roku osiem sekcji tworzących WKS podpisało porozumienie o utworzeniu Cywilno-Wojskowego Związku Sportowego Zawisza Bydgoszcz, co formalnie nastąpiło w 2005 roku. CWZS stał się oficjalnym kontynuatorem tradycji WKS Zawisza. Sam CWZS działał w formie stowarzyszenia, którego członkami były inne stowarzyszenia, w ramach których funkcjonowały poszczególne sekcje. W praktyce każda sekcja to był osobny klub, ale CWZS było czymś co je łączyło. Taka formuła sprawiła, że nie uniknięto konfliktów, ale o tym później.

Istnienie CWZS Zawisza opierało się jeszcze na jednym aspekcie, po tym jak w 2002 roku Agencja Mienia Wojskowego stadion Zawiszy i tereny przy nim położone przekazała Miastu Bydgoszcz. CWZS Zawisza w imieniu władz Bydgoszczy gospodarował stadionem.

Konflikty wokół klubów piłkarskich

Gdy powstawał CWZS klub piłkarski Zawiszy dotykał – jak się wówczas mogło wydawać dna – bowiem był to spadek do V ligi. Tradycję piłkarską od 2003 roku kontynuowało Stowarzyszenie Piłkarskie Zawisza, które w 2009 roku wywalczyło awans do nowej II ligi, co oznaczało dla Zawiszy powrót na piłkarskie salony. Zapadła wówczas decyzja o stworzeniu nowego podmiotu jakim był klub WKS Zawisza Bydgoszcz z udziałem Miasta Bydgoszczy i Stowarzyszenia Piłkarskiego. Ten klub również stał się członkiem CWZS, gdy Stowarzyszenie Piłkarskie (SP Zawisza) skupiało się już głównie na szkoleniu dzieci i młodzieży. Po prywatyzacji WKS Zawiszy kontrowersyjnemu Radosławowi Osuchowi pomiędzy podmiotami piłkarskimi do konfliktów. Doprowadził to nawet do tego, że władze CWZS Zawisza wykluczyły SP Zawisza z bycia członkiem, uniemożliwiając im korzystania a obiektów leżących w zarządzie CWZS (według statutu było to prawo każdego członka). SP Zawisza poszło do sądu, który przyznał mu rację i nakazał przywrócenie do struktur CWZS – dopiero jednak w 2020 roku pozwolono drużynie SP Zawisza rozgrywać mecze na stadionie Zawiszy.

Wspomnieć należy, że po tym jak spółka WKS Zawisza Bydgoszcz nie wystąpiła o licencję w 2016 roku, SP Zawisza wystartowało od B klasy – był to jedyny klub piłkarski kontynuujący od tego momentu tradycję WKS Zawisza.

Miasto utworzyło COS

W 2020 roku w ramach reformy w administrowaniu bydgoskim sportem zarząd nad stadionem Zawiszy przejęło Bydgoskie Centrum Sportu – jednostka Urzędu Miasta. W praktyce zatem piłkarski Zawisza na Gdańską za czasów, gdy obiektem władało CWZS Zawisza nie wrócił. Pod koniec 2021 roku walne CWZS Zawisza podjęło decyzję o rozwiązaniu. Formalnie likwidacja zakończyła się 8 stycznia 2024 roku. Ostatnia decyzja walnego przekazała zgromadzone pamiątki Fundacji Zawisza, która ma kultywować dorobek CWZS Zawisza.

Natomiast w praktyce od 2020 roku kluby, które nawiązują do tradycji wielosekcyjnego Zawiszy idą swoją drogą.