Ta druga trasa przebiegałaby przez Bydgoszcz i Poznań. Niemiecki przewoźnik zamierza podjąć konkurencję z PKP Intercity. Na chwilę obecną nie wiemy jednak w jaki sposób Flixbys zamierza przyciągnąć do siebie pasażerów – czy będzie to jak w przypadku brytyjskiego PolskiegoBusa znacznie niższa cena przejazdu w porównaniu z koleją.
Obecnie do Berlina możemy dojechać porannym pociągiem ekspresowym, który z Bydgoszczy jedzie przez Inowrocław i Poznań, zaś w godzinach wieczornych przyjeżdża pociąg powrotny.