Problemy wójta rozpoczęły się w 2021 roku, gdy pojawiły się informacje, iż posiada 50% udziałów w spółce Zielone Kuczwały I, czym naruszać ma zakaz prowadzenia działalności gospodarczej przez osoby pełniące niektóre funkcje publiczne. Ten przepis często nazywany jest ustawą antykorupcyjną. Wojewoda uznając, że wójt powinien stracić mandat skierował do Rady Gminy w Chełmży wniosek o wygaszenie mandatu. Radni Chełmży w sierpniu 2021 roku przyjęli jednak narrację wójta, iż z powodu błędów notarialnych spółka Zielone Kuczwały nie została nigdy zawiązana. Radni w związku z tym przyjęli uchwałę, w której nie zgodzili się na wygaszenie mandatu wójta.

Wiosną 2022 roku wojewoda ponownie wezwał Radę Gminy w Chełmży, a ta ponownie podjęła uchwałę w obronie wójta. Następstwem tego było podjęcie 13 kwietnia 2022 roku przez wojewodę zarządzenia zastępczego o wygaszeniu mandatu wójta.

Wójt Jacek Czarnecki odwołał się od decyzji wojewody do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy, co z automatu wstrzymało wygaszenie jego mandatu do czasu wydania prawomocnego wyroku. 13 czerwca już bieżącego roku WSA w Bydgoszczy przyznał rację wójtowi i uchylił zarządzenie wojewody wygaszające mandat. Strony nie wniosły apelacji, a kilka dni temu wyrok się uprawomocnił. 20 października wyrok został oficjalnie opublikowany w Dzienniku Urzędowym Województwa Kujawsko-Pomorskiego, co zakończyło ten spór. Do tego wyroku nie sporządzono szczegółowego pisemnego uzasadnienia.