Bydgoski Batalion Obrony Narodowej został sformowany wiosną 1939 roku. W czasie wojny obronnej włączony został w skład 15 Dywizji Piechoty. Po ataku Niemiec na Polskę żołnierze zostali skierowani do obrony umocnień przedmościa bydgoskiego – linii umocnień pomiędzy Zielończynem i Osówcem, broniącej dostępu do miasta od strony północno-zachodniej.

Porażka polskiej armii na innych frontach sprawiła, że 15 Dywizję Piechoty wycofano w głąb kraju. Żołnierze Bydgoskiego Batalionu Obrony Narodowej wzięli udział później w Bitwie nad Bzurą w Puszczy Kampinowskiej. Była to największa bitwa wojny obronnej 1939 roku. Dowódcy liczyli, że bitwa ta odmienni przebieg wojny. Bydgoski Batalion Obrony Narodowej poniósł w tej bitwie duże straty. Ostatecznie batalion został rozbity pod Iłowem, żołnierzy Niemcy wzięli do niewoli.

21 września oddzielono członków batalionu od pozostałych jeńców i przewieziono do Sochaczewa. Z tłumu ok. 30 tys. jeńców, kazano wystąpić żołnierzom Bydgoskiego Batalionu Obrony Narodowej. Wystąpiło około 200 żołnierzy. Następnie Niemcy wytypowali około 50 żołnierzy, niemalże całą kadrę oficerską, którym postawiono zarzut złamania konwencji genewskiej i udziale w masakrze niemieckiej w Bydgoszczy w dniu 3 września. Propaganda przygotowana przez niemieckiego ministra Josepha Goebbelsa twierdziła, że tego dnia doszło do masakry ludności niemieckiej, czym uzasadniano agresję Niemiec na Polskę i późniejsze mordy na Polakach w Bydgoszczy. Wszystko to było jednak nieprawdą. Dzień później – 22 września skazano tych żołnierzy na śmierć. Tego samego dnia wyrok wykonano. Wyrok śmierci odczytał por. Wermachtu Schabelius z Bawarii.

Żołnierzy Bydgoskiego Batalionu Obrony Narodowej 3 września nie było jednak w Bydgoszczy, stąd też stawiane im zarzuty były tym bardziej absurdalne. Wymordowanie bydgoskich oficerów mogło nieco przypominać sowiecką zbrodnię na polskich oficerach w Katyniu i okolicach. Stąd też użyte w tytule sformułowanie ,,bydgoski Katyń”.