Wśród zarzutów jakie kieruje do wojewody NIK pojawia się m.in. nierzetelne prowadzenie ewidencji jednostek organizacyjnych szpitali. Duże problemy dotyczyły też zapewnienia całodobowego dyżuru koordynatora systemu – w badanym okresie przez 69 dni (na 485 dni) nikt nie pełnił dyżuru, zaś przed 57,9% tego okresu wykonywano ten obowiązek tylko w godzinach 8:00 – 23:00. Służby wojewody tłumaczyły to problemami z pozyskaniem kadr, natomiast NIK twardo stwierdza - Izba wskazuje, że spoczywający na Wojewodzie obowiązek zatrudnienia koordynatorów wojewódzkich w liczbie niezbędnej do zapewnienia całodobowej realizacji przez nich zadań ma charakter bezwzględny i został jednoznacznie ujęty w art. 29 ust. 1 ustawy o PRM.

Ponadto pojawiły się kwestie formalne - w odniesieniu do 13 z 21 rejonów operacyjnych, których dotyczyła kalkulacja kosztów, stwierdzono nieścisłości i błędy w wyliczeniach polegające m.in. na wyszczególnianiu zamiennie kosztów faktycznie poniesionych bądź kosztów zakontraktowanych na podstawie umów z NFZ, błędach w sumowaniach, nieuśrednieniach kosztów, niewypełnianiu wszystkich wierszy tabeli.

NIK skontrolował również Wojewódzką Stację Pogotowia Ratunkowego w Bydgoszczy wykazując braki w wyposażeniu karetek.