W latach 2012-2015 miasto Janikowo spłaciło w imieniu Unii Janikowo prawie 414 tys. zł długu. Co prawda władze gminy podejmowały próby wyegzekwowania tej kwoty od klubu, ale robił to nieskutecznie. 4 listopada 2014 roku Urząd Miejski skierował sprawę do sądu o zapłatę, ale jeszcze tego samego miesiąca zapadła decyzja o wycofaniu pozwu. Burmistrz kontrolerom RIO tłumaczył, że uzyskanie zwrotu pieniędzy jest mało realne, natomiast gmina musiałaby ponieść dodatkowe koszty sądowe. Ponownie sprawę do sądu gmina skierowała dopiero w na początku 2021 roku. Zdaniem Regionalnej Izby Obrachunkowe takie nieskuteczne egzekwowanie należności narusza ustawę o finansach publicznych.

RIO zarzuca władzom Janikowa także, że w 2020 roku miasto przekazało klubowi kwotę 100 tys. zł w ramach konkursu na wsparcie klubów sportowych, przelew nastąpił jednak zanim klub złożył ofertę w konkursie, na długo przed jego rozstrzygnięciem. Pieniądze wypłacano zatem w sytuacji, gdy Urząd Miejski nawet nie znał oferty i nie wiedział, czy spełnia ona wymogi formalne. Zdaniem RIO taka sytuacja jest niedopuszczalna. Burmistrz tłumaczył to potrzebą pilnego wsparcia klubu. Ostatecznie w tym konkursie Unia Janikowo otrzymała 350 tys. zł dotacji. Tak dużych dotacji nie otrzymują nawet bydgoskie kluby, w bogatszym samorządzie, które lepiej radzą sobie w rozgrywkach ligowych.

Według RIO dotacja rozliczona w 2020 roku została w kwocie zawyżonej o prawie 1,8 tys. zł. Za przyczyną błędu wskazano podwójne rozliczenie tego samego wydatku. RIO informuje o potrzebie zwrotu tej kwoty miastu.